Claus begyndte som 9-årig at spille fløjte i Tivoli-Garden med Kongelig Kapelmusicus Preben Rasmussen som lærer.
I 1987 blev han optaget på Det Kgl. Danske Musikkonservatorium, hvor han studerede hos Ole Birger Pedersen og Toke Lund Christiansen, og i 1996 debuterede han fra solistklassen.
Studierne på Det Kgl. Danske Musikkonservatorium blev suppleret med mesterkurser hos bl.a. Jean-Pierre Rampal, Alain Marion og Thaddeus Watson.

I 1991 blev Claus Ettrup Larsen udtaget til deltagelse i Jeunesses Musicales World Youth Orchestra i perioden ´91-´92 og i 1992 udtaget til EF's ungdomsconcert-band.

Inden studierne var afsluttet, vandt han i 1992 stilling som fløjtenist i Helsinki Philharmonic Orchestra.

I november ´97 vandt Claus Ettrup Larsen stillingen som solofløjtenist i Aalborg Symfoniorkester, en stilling han tiltrådte i januar 1998.

Næsten samtidigt vandt han stillingen som 2. solofløjtenist i Det Kgl. Kapel. Der spillede han i sæsonen ’98-’99, men valgte herefter at vende tilbage til Aalborg Symfoniorkester.

Claus Ettrup Larsen optræder hyppigt og i talrige sammenhænge som kammermusiker, bl.a. på Nurmes Festivalen i Finland.

Som solist har han optrådt med bl.a. Tivolis Symfoniorkester, Helsinki Philharmonic Orchestra og Aalborg Symfoniorkester.

Claus Ettrup Larsen er endvidere lærer på Nordjysk Musikkonservatorium og Det Kongelige Danske Musikkonservatorium.